Křížová chodba Karolina slouží jako prostor určený pro výstavy. Významným organizátorem výstav je i přímo sama univerzita, která připravuje tematicky zaměřené výstavy věnované významným výročím spojeným s akademickou obcí.

V prostorách gotického sklepení Karolina je přístupná stálá expozice věnovaná dějinám Univerzity Karlovy.

Výstavní prostory Křížové chodby

Nový světový pořádek

Výstava Památníku ticha přinese k 80. výročí útoku na Reinharda Heydricha dokumentární pohled na pozadí dalekosáhlých plánů zastupujícího říšského protektora.

Praha se měla stát centrem pro plánování nového uspořádání evropského jihovýchodu. Základním kritériem změn na okupovaných územích byla rasová kvalita obyvatel a jejich využitelnost pro říši po vítězné válce.

Dalekosáhlé plány pro nové uspořádání centrální říše, po připojení protektorátu Čechy a Morava a Generálního gouvernementu, obsahovaly vize, pro které byl holocaust „jen“ prologem v budoucím rozvržení euroasijského kontinentu.

Stálá expozice historie Univerzity Karlovy

Stálou expozici věnovanou dějinám Univerzity Karlovy najdete v gotickém sklepení historického Karolina. Historii Univerzity Karlovy popisuje tato výstava v pěti tematických blocích: Pražské obecné učení, Utrakvistická univerzita, Karlo-Ferdinandova univerzita, Cesta k české univerzitě, Univerzita Karlova. Nechybí ani významné osobnosti naší nejstarší univerzity, ani připomínka jejího společenského, kulturního a politického významu. 

Vedle mnoha skutečně unikátních exponátů zde nechybí ani tzv. kapitulní exemplář zakládací listiny pražské univerzity vydané v roce 1348 Karlem IV. pro pražského arcibiskupa Arnošta z Pardubic, pečetidlo univerzitní obce pražské ze 14. století zobrazující Karla IV. předávajícího zakládací listinu univerzity pod ochranu sv. Václava, které se stalo logem i současné Univerzity Karlovy v Praze.

Mimořádně významným exponátem je notářský opis tzv. Dekretu kutnohorského z roku 1409, pozoruhodná je kovová renesanční univerzitní pokladnice z přelomu 16. a 17. století. Mezi další, jedinečné exponáty se řadí tzv. unijní dekret císaře Ferdinanda III. z roku 1654, kterým vznikla Karlo-Ferdinandova univerzita a řetěz s medailí univerzitního hodnostáře ze 17. století. Z první poloviny 18. století pocházejí významné univerzitní sakrální památky, pacifikál sv. Kosmy a sv. Damiána, patronů lékařské fakulty, ostatkový kříž s ostatky sv. Jana Nepomuckého a kalich z kaple umístěné v arkýři Karolina. 

Vystavený je také originál žezla rektora Univerzity Karlovy z roku 1883 (původně žezlo rektora české Karlo-Ferdinandovy univerzity), soubor autentických zbraní použitých pražskými vysokoškolskými studenty v bojích v roce 1848 i diplom a medaile nositele Nobelovy ceny za chemii Jaroslava Heyrovského z roku 1959.

Výstavu pak uzavírá zcela ojedinělý exponát – posmrtná maska studenta Univerzity Karlovy Jana Palacha zhotovená sochařem Olbramem Zoubkem v roce 1969.